耐甲氧苯青霉素金黄色葡萄球菌(MRSA)单一谱系的分离工作在现有分型技术下往往难以获得理想效果。全基因组测序也许可以获得更满意的结果，得到MRSA菌更确切的传播途径和流行暴发特征的相关信息。英国剑桥大学的Claudio U. K?ser博士等2对此的研究表明，快速的全基因组测序将有助于耐甲氧苯青霉素金黄色葡萄球菌疫情的预防，相关论文发表于国际权威杂志NEJM 2012年6月14日在线版。

研究人员对新生儿重症监护病房中假定的MRSA暴发进行了研究，他们利用快速高通量测序技术，在满足临床要求的时间窗口内得出报告结果，他们回顾性地对传染暴发有关的7个分离群的DNA序列与同一医院中携带MRSA或菌血症的另外7个MRSA隔离群进行了比较。

研究者通过比较核心基因组与对照基因组（一株流行MRSA克隆菌株，EMRSA-15 [序列类型22]）的核苷酸多态性(SNPs)构建了系统树，它揭示了暴发性隔离群和非暴发性隔离群间有明显的基因簇差异和清晰的界限。研究通过对两例未感染暴发菌株的菌血症患者进行对比，揭示了一条以前未发现的传播途径。研究人员构建了包含抗菌素抗性基因的列表，并证明它与表型敏感性测试结果一致；他们还构建了包含毒素基因的“减力毒素”列表。一种暴发隔离群比另一种暴发隔离群表现出更多的超突变状态表型，它包含了更多的SNPs位点，这表明通过单纯通过计数SNPs数目的多少来确定是否属于目前流行株的方法的困难性。

研究人员由此得出结论，全基因组测序可以在时间框架内提供临床相关的数据，从而支持患者治疗。如何开发出能对报告数据进行自动分析，并为医护人员提供具有临床意义的信息的工具是这一技术应用于临床所面临的障碍。

来源：丁香园 

供稿：前沿生物技术处