“重大新药创制”科技重大专项实施管理办公室是具体负责专项组织实施和过程管理等日常工作的常设办事机构。

其主要职责包括：编制年度计划及年度预算；负责编写重大专项的申请指南；组织专家对申请课题进行评审；负责重大专项执行中的过程管理；负责对支持中的课题进行年度检查和/或中期检查，编写重大专项的年度执行情况报告；组织专家对到期完成的课题进行验收；在牵头组织单位的领导下，负责完成重大专项的验收准备工作；承办牵头组织单位交办的其他工作。