2019年6月，美国耶鲁大学医学院微生物发病机理和微生物科学研究所Andrew L. Goodman教授团队在国际顶尖杂志Nature 上发表了题为“Mapping human microbiome drug metabolism by gut bacteria and their genes”的研究论文，该研究通过肠道细菌及其基因绘制人类微生物组药物代谢图谱。

不同人类个体对药物的反应差异巨大，可能造成治疗延迟和不良反应，这通常会对患者造成危险并产生额外的医疗费用。越来越多的证据表明肠道微生物组在这种差异性中起到重要作用，但其分子机制在很大程度上仍然未知。该研究测量了76种不同的人类肠道细菌代谢271种口服药物的能力，发现许多药物都被微生物进行了化学修饰。作者将高通量遗传学与质谱系统联用来鉴定药物代谢微生物的基因产物。这些微生物组编码的酶可以直接并显著地影响小鼠的肠道和全身药物代谢，并且可以基于该基因组内容解释人类肠道细菌和群落的药物代谢活性。微生物群基因含量和代谢活动之间的这些因果关系将人际微生物组变异与药物代谢中的人际差异联系起来，这对多种疾病适应症的药物治疗和药物开发具有重大意义。