《Nature Methods》杂志将2012年度技术授予了定向蛋白质组学（targeted proteomics）。同时，杂志还介绍了2013年值得关注的技术，包括纳米孔测序仪（Disruptive nanopores）、微生物组功能研究（Probing microbiome function）、近红外探针（Near-infrared probes）、干细胞体外微环境（In vitro niches）等等。

大约几年前，人们开始争相对直接取自环境的微生物进行大规模测序。随着每个栖息地的宏基因组序列蜂拥而至，微生物生态学的新阵地在哪里？《Nature Methods》杂志认为，分子图谱分析技术与DNA测序互补，有望带我们深入了解看不见的生物群落的功能。

微生物的大规模测序在这两年相当热门，目前已有多项成果发表。不过，到目前为止，大部分工作都集中在系统发育标记的测序，以鉴定样品中微生物的数量和类型。但这些微生物究竟干了什么呢？它们的功能何在？

鸟枪法DNA测序和越来越多的参考基因组有助于我们揭开它们的功能。尽管如此，这一信息只能概述潜在的代谢功能。另一方面，RNA测序、蛋白和代谢物图谱分析方法能够定位哪些通路是激活的。它们有助于新颖的生化探索，并深入了解环境与微生物的互作。

将转录本和蛋白表达等互补数据相结合，可带来更好的准确性，从而支持结论。整合需要汇集不同的专业知识，也可能需要新的工具。从传统生态学和系统生物学演化而来的网络建模（Network modeling）是一种很有前途的方法，有望在微生物生态学中大显身手。

除了大规模的测序研究，未来将看到更多定向研究，它们从各种方法中获得更丰富的数据，让这成为有趣的方法开发领域。也许您需要决定是走得更深，还是走得更宽。不过最终，微生物将回到实验室，通过高通量培养方法和人工无菌的环境来开展深入的功能研究。

来源：生物通

供稿：工业生物技术处